Es imprescindible arrancar eclipse con estos argumentos:
-vmargs -Xms512m -Xmx512m -XX:PermSize=128m -XX:MaxPermSize=128m
-vmargs -Xms512m -Xmx512m -XX:PermSize=128m -XX:MaxPermSize=128m
Para poner estos argumentos en el punto de menú puedes arrastrar el punto de menú del eclipse a tu barra de tareas o escritorio y en el elemento creado pulsar con el botón derecho > Propiedades y en Comando poner:
/usr/bin/eclipse -vmargs -Xms512m -Xmx512m -XX:PermSize=128m -XX:MaxPermSize=128m
/usr/bin/eclipse -vmargs -Xms512m -Xmx512m -XX:PermSize=128m -XX:MaxPermSize=128m
Lo que estamos haciendo es asignar más memoria a la máquina virtual java donde se ejecuta eclipse, este truco no es apto para máquinas con menos de 1GB de Ram.
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