Este es un tema bastante comentado, pero creo que nunca está de más refrescar una serie de conceptos básicos para todos los usuarios linuxeros, por eso os dejo aquí la descripción del árbol de directorios de linux.
DIRECTORIO DESCRIPCIÓN
/bin/ Comandos/programas binarios esenciales (cp, mv, ls, rm, etc.),
/boot/ Ficheros utilizados durante el arranque del sistema (núcleo y
discos RAM)
/dev/ Dispositivos esenciales, discos duros, terminales, sonido,
video, lectores dvd/cd, etc.
/etc/ Fichero de configuración utilizados en todo el sistema y que
son específicos del ordenador
/etc/opt/ Ficheros de configuración utilizados por programas alojados
dentro de /opt/
/etc/sgml/ Ficheros de configuración para SGML (Opcional)
/etc/xml/ Ficheros de configuración para XML (Opcional)
/home/ Directorios de inicios de los usuarios (Opcional)
/lib/ Bibliotecas compartidas esenciales para los binarios de /bin/,
/sbin/ y el núcleo del sistema.
/mnt/ Sistemas de ficheros montados temporalmente.
/opt/ Paquetes de aplicaciones estáticas.
/proc/ Sistema de ficheros virtual que documenta sucesos y estados
del núcleo. Contiene principalmente ficheros de texto.
/root/ Directorio de inicio del usuario root (super-usuario)
/sbin/ Comandos/programas binarios de administración de sistema.
/tmp/ Ficheros temporales
/srv/ Datos específicos de sitio servidos por el sistema.
/usr/ Jerarquía secundaria para datos compartidos de solo lectura
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